Jannemieke is als hoogleraar Europees strafrecht verbonden aan de Universiteit Leiden. Daarnaast is zij afdelingsvoorzitter van de Afdeling Straf-en Strafprocesrecht. In 2011 verdedigde Jannemieke haar proefschrift over het beginsel van wederzijdse erkenning in de strafrechtelijke samenwerking tussen EU-lidstaten. Haar proefschrift resulteerde in het boek ‘Quid pro Quo? A comparatieve law perspective on the Mutual Recognition of judicial decisions in criminal matters’ (Intersentia, 2011). Jannemieke verricht hoofdzakelijk onderzoek naar de invloed van EU-strafrecht op het Nederlandse straf(proces)recht. De afgelopen jaren lag het accent van haar onderzoek op de EU-brede harmonisatie van materieel strafrecht en meer specifiek de verplichting om bepaalde gedragingen in nationale wetgeving strafbaar te stellen (bijvoorbeeld in de sfeer van terrorisme, mensenhandel, EU-fraude).